2020年的春節(jié)籠罩在新型冠狀病毒肺炎疫情的陰霾下，牽動著每個人的心。截至1月30日上午10點，國家衛(wèi)健委收到31個省(區(qū)、市)累計報告確診病例7736例，疑似病例12167例，累計死亡病例170例，累計治愈出院126例。
面對這一疫情形勢，互聯(lián)網(wǎng)企業(yè)紛紛伸出援手。百度、阿里、字節(jié)跳動、美團、滴滴、搜狐等多家企業(yè)通過捐款、捐物、推出免費退改簽及相關(guān)信息服務(wù)等多種方式，支援一線防疫人員抗擊疫情。不僅如此，百度和阿里云紛紛免費開放各自的算法算力資源，以加速本次新型肺炎新藥和疫苗研發(fā)。
百度研究院免費開放線性時間算法，及RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測網(wǎng)站
1月30日，百度研究院宣布：
將向各基因檢測機構(gòu)、防疫中心及全世界科學(xué)研究中心免費開放線性時間算法LinearFold以及世界上現(xiàn)有最快的RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測網(wǎng)站，以提升新型冠狀病毒RNA空間結(jié)構(gòu)預(yù)測速度，從而助力疫情防控。
據(jù)百度研究院科學(xué)家透露，LinearFold算法可將此次新型冠狀病毒的全基因組二級結(jié)構(gòu)預(yù)測從55分鐘縮短至27秒，提速120倍，節(jié)省了兩個數(shù)量級的等待時間。
相較于經(jīng)典算法，現(xiàn)在只需不到半分鐘就可以拿到病毒的結(jié)構(gòu)資料，提升基因檢測、疫苗研發(fā)等科研中心的工作效率，讓病毒的研究及疫苗開發(fā)速度快速提升。
此次引起武漢肺炎的新型冠狀病毒(2019-nCoV)與“非典”病毒、艾滋病毒、埃博拉病毒、流感病毒一樣，都屬于RNA病毒，其單鏈結(jié)構(gòu)導(dǎo)致病毒更容易變異、不易開發(fā)疫苗。與2003年的“非典”病毒相比，新型冠狀病毒同時具有潛伏期長的特點，并且其潛伏期仍具有較高傳染性，防控工作成為與“時間”賽跑的競速賽。
RNA 序列有豐富的空間結(jié)構(gòu)，而這些結(jié)構(gòu)能決定 RNA 的功能，進(jìn)而幫助設(shè)計分子藥物和分子檢測儀。傳統(tǒng)上，RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測需要三次方時間復(fù)雜度的算法，也就是說，如果序列長度翻一倍的話，就要付出 8 倍的計算時間，這對于 RNA 病毒基因組這樣的超長序列(例如艾滋病毒有約1萬個堿基，埃博拉病毒有約2萬個堿基)需要很長的等待時間。而冠狀病毒(包括非典病毒和這次的新冠病毒)的基因組又是所有 RNA 病毒里最長的，長達(dá) 3 萬個堿基，最快的經(jīng)典算法也需要 55 分鐘。希望LinearFold算法能夠?qū)茖W(xué)家深入了解武漢肺炎基因組的性質(zhì)以及設(shè)計針對性藥物提供了有用信息。
與此同時，百度開放LinearFold網(wǎng)站給全世界科學(xué)家免費使用，據(jù)稱，該網(wǎng)站在RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測速度和序列長度方面，都具有優(yōu)勢，在預(yù)測速度上無出其右，而且能處理的最長序列長度達(dá)10萬堿基，能滿足對RNA病毒全基因組結(jié)構(gòu)預(yù)測的要求。
如有需RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測算法和技術(shù)支持的科研單位、防疫部門等，可聯(lián)系：
百度研究院項目專用郵箱：
RNA@baidu.com
阿里云向全球公共科研機構(gòu)，免費開放一切AI算力
1月29日，阿里云正式宣布：
疫情期間，為了幫助加速新藥和疫苗研發(fā)，向全球公共科研機構(gòu)，免費開放一切AI算力!
目前，中國疾控中心已成功分離病毒，疫苗研發(fā)和藥物篩選仍在爭分奪秒地進(jìn)行。新藥和疫苗研發(fā)期間，需要進(jìn)行大量的數(shù)據(jù)分析、大規(guī)模文獻(xiàn)篩選和科學(xué)超算工作。阿里云可以提供強大的AI算力，支持病毒基因測序、新藥研發(fā)、蛋白篩選等工作，幫助科研機構(gòu)縮短研發(fā)周期。
此前，阿里云就曾與基因公司聯(lián)合打破世界紀(jì)錄：僅用15分鐘，即可完成高精度的個人全基因組測序。而在過去，科學(xué)界普遍需要120個小時才能完成類似流程。
全球健康藥物研發(fā)中心GHDDI
全球健康藥物研發(fā)中心GHDDI正與阿里云合作開發(fā)人工智能藥物研發(fā)和大數(shù)據(jù)平臺，針對SARS/MERS等冠狀病毒的歷史藥物研發(fā)進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘與集成，開放相關(guān)臨床前和臨床數(shù)據(jù)資源，計算靶點和藥物分子性質(zhì)，并跟進(jìn)新型冠狀病毒最新科研動態(tài)，實時向科學(xué)界和公眾公布，為新型冠狀病毒科學(xué)研究提供重要數(shù)據(jù)支撐。
GHDDI針對此次新型冠狀病毒蛋白質(zhì)序列實現(xiàn)部分靶點的同源建模工作
同時，阿里云將與合作機構(gòu)向全球科學(xué)共同體免費開放相關(guān)藥物研發(fā)資源，共同加速針對新型冠狀病毒的藥物研發(fā)。馬云公益基金會也捐贈一億元人民幣，用于支持加快推進(jìn)新型冠狀病毒的疫苗研發(fā)。
阿里云稱，疫情期間，任何針對本次新型冠狀病毒分析、疫苗新藥研發(fā)的公共科研機構(gòu)、學(xué)校、醫(yī)院，都可以通過郵件聯(lián)系阿里云疫情公益小組。阿里云團隊將在第一時間與相關(guān)機構(gòu)取得聯(lián)系。
聯(lián)系郵箱：
wanqing.hwq@alibaba-inc.com
免費支持的研究范圍包括但不僅限于：
1 用分子動力學(xué)HPC應(yīng)用算病毒、蛋白質(zhì)、藥物結(jié)構(gòu)，靶點作用模擬和設(shè)計藥物篩選的實驗，以及使用QD量子動力學(xué)等做藥物研究——免費提供阿里云高性能計算、SCC超級計算集群和CPU集群;
2 對病毒植株和染病者的染病DNA提取，進(jìn)行基因組計算、基因組學(xué)計算——免費提供阿里云超算支持;
3 科研機構(gòu)對全球大規(guī)模文獻(xiàn)分析和篩選——免費提供阿里云通用平臺支持;
4 在MD，MM，QD基礎(chǔ)上做虛擬篩選——免費提供阿里云AI平臺和云超算支持。
共抗疫情，我們能贏!
